顧名思義，腸病性關節炎的基本病變在腸道，因此大部分病人都有炎症性腸病的臨牀表現，包括腹痛、腹瀉、黏液、膿血便等消化道症狀，以及發熱、消瘦等全身表現。
大多數病人的腸道症狀發生在關節病變之前或兩者同時發生，有的病人則關節病變發生於腸道病變前幾年。約17%—20%腸病性關節炎病人發生周圍性關節炎，表現為少數關節、非對稱性、一過性和遊走性，以及復發和消退交替出現。大關節和下肢關節受累此小關節和上肢關節受累多見。臘腸指(趾)，肌腱端病，尤其跟腱炎和跖底筋膜炎均可見。克羅恩病關節炎並可見到杵狀指(手指呈鼓錘狀)和骨膜炎。
據報道，約20%酌腸病性關節炎病人發生脊柱炎及骶髂關節炎。主要表現為腰背、胸、頸或臀部疼痛，腰和頸部運動受限及擴胸度減少。其病變的病程和腸病病程不平行。腸病手術治療並不影響脊柱炎和骶髂關節炎的病程。HLA-B27(人類白細胞抗原-B27)陽性率佔50%-60%。
此外，部分炎性腸病病人還可出現結節性紅斑、網狀青斑、血栓性靜脈炎和小腿潰瘍等皮膚、黏膜、漿膜和眼部等病變。
腸病是腸病性關節炎的基礎，治療時理所當然地應首先控制腸病。非甾體類抗炎藥消炎痛、怡美力、樂鬆、莫比可等可改善關節症狀，但要注意藥物對已有病變腸道的副作用。柳氮磺毗啶對潰瘍性結腸炎、周圍性關節炎及脊柱炎都有治療作用，可謂一舉兩得。皮質激素可以控制腸病及減輕周圍關節炎，但對脊柱炎和骶髂關節炎無效。
