大部分肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起，因此内口多在齿状线上肛窦处，脓肿自行破溃或切开引流处形成外口，位于肛周皮肤上。由于外口生长较快．脓肿常假性愈合，导致脓肿反复发作破溃或切开，形成多个瘘管和外口．使单纯性肛瘘成为复杂性肛瘘。瘙管由反应性的致密纤维组织包绕，近管腔处为炎性肉芽组织，后期腔内可上皮化。 结核、溃疡性结肠炎、Cohn病等特异性炎症、恶性肿瘤、肛管外伤感染也可引起肛瘘，但较为少见。
肛瘘的病理表现有外口、瘘管、支管、内口组成。
①瘘管：连接内口与外口的管道，形状各异，可有一个，也可有多个分支。
②外口：是肛门周围脓肿破溃或切开的口，在肛门周围的皮肤上，多数距肌门约2～3cm。其距肛门远近不定，数目不一，可凹陷，也可突起;可伴有肉芽组织，红紫色，潜行性边缘，形状整齐，且外口较大者多为结核性瘘管。
③内口：是肛门感染形成肛门周围脓肿的入口，多数在肛窦附近，80%在肛管后正中线两侧的肛窦发生。由坐骨直肠窝和肛门部来的血管，在肛管后方正中线两侧进入直肠，感染常沿血管周围蔓延，因此，内口多在肛管后部中线两侧。
④支管：主瘘管引流不畅，或反复感染，均可发生很多支管。探清支管对手术效果极为重要。
