王祖賢目前是未婚。1998年3月19日，王祖賢在臺北記者會上公開感謝男友齊秦，兩人從1987年合作電影《芳草碧連天》開始交往，在一起分分合合近15年，2001年5月5日，王祖賢與齊秦出席了在高雄舉辦的第十二屆臺灣金曲獎頒獎典禮。2001年底，祖賢赴溫哥華遊學時（就讀Langara College 蘭加拉學院學習語言）正式告終。49歲的王祖賢雖已淡出影壇多年，但“小倩”的形象仍深植人心。前不久定居加拿大的她祕密回臺過中秋，被網友拍到參加佛法活動，空靈氣質依舊。今日，又有網友稱疑似在地鐵裏拍到“野生”王祖賢!據網友描述，“王祖賢昨晚搭乘捷運，從古亭坐到七張站，對照最近的新聞照片還蠻像，不過我還蠻懷疑到底是不是真的本人?”從照片中可以看到，王祖賢身材保持的很好。
髮型和月初禮佛時的樣子有點差距，卻和去年現身香港，臉型被疑整形走樣時的模樣十分相像。網友紛紛留言狠酸：“有人半夜不睡覺在這邊假扮王祖賢?”、“賢妹，我完全可以，但這圖我不可以”、“天啊……劣化成這樣了!”也有人力挺偶像“她都幾歲了……講劣化不公平吧……誰不會老”、“她在臺北，前幾星期有看過她，身材還是很好。
雖然王祖賢打扮與身材都一如往昔，但是據在現場的記者透露，王祖賢的眼睛沒有以往的那樣有神，鼻子也似乎挺拔了不少，臉頰更是緊繃的有些變形，就連嘴巴都被連帶着顯得特別畸形。看來王祖賢整容可能是真有其事了。當發現有記者拍照時，王祖賢大方揮手以示友好，而當記者問她是否有意重返娛樂圈時，她只表示感謝，並未多說其他。整形美容，早已不是那個人們談之鄙夷、聞之唾棄的詞語，在這個越來越自由和開放的時代，在這個只要可以美麗任何方法都無所謂的年代裏，整形美容，不過是人們變美的又一途徑而已。
