《末日孤艦》改編自上世紀八十年代美國作家威廉姆-布林克利（William Brinkley）同名小說，講述當一場全球性傳染病導致大部分人口滅亡之後，一艘在南極考察的美軍驅逐艦如何躲避其他國家的襲擊，找到治療疾病的疫苗的故事。第二季延續了第一季的高水準，依然爲觀衆奉上了一場視覺盛宴。透過此劇瞭解海洋戰場，現代武裝力量和思維的新解讀，國家意志和個人使命的體現，以及少數倖存者們如何在世界毀滅後繼續生存，當然還有惹火的主演們。被稱爲海軍之矛的美國海軍內森-詹姆斯號導彈驅逐艦由諾福克出海去往北極，進行爲期四個月的武器測試，期間一直保持無線電靜默。一場突如其來的病毒徹底地擾亂了全球的社會秩序。疾控中心和世衛組織分離病毒樣本試圖製造疫苗也以失敗告終。而船上的兩位“客人”正是由白宮下令，祕密地在北極尋找原始菌株。
217名船員也因出海任務逃過陸地上的混亂。而正當船員得知真相、爲不在身邊的家人朋友擔憂之時，內森-詹姆斯號迎來一場擦肩而過的爆炸。然而陸地上由於電網癱瘓，通訊中斷，與外界失聯，失去任何上級指示的錢德勒艦長必須做出每一個有利的決定。直到“客人”斯科特博士研製出治癒藥物之前，竭盡全力在海面上生存下去。當期望返回的國家不復存在之時，內森-詹姆斯號駛向了茫茫未知的征途。
無論是爲逃過劫數的錢德勒艦長和他的船員的一系列冒險而果斷的戰略行動每一個決定，還是面臨嚴峻形勢時關乎全人類安危的重頭戲——斯科特博士和她的原始菌株及疫苗的情況。無論是俄前副海軍上將拉斯科夫和他指揮的基洛夫級重型導彈巡洋艦，還是由自稱“天選之人”的反動免疫者們操控的英國動力潛艇。無論是用極端殘忍的方式改造社會，挑選所謂精英的巴爾的摩激進右翼領導人格蘭德森，還是實行殘酷的奴隸制的“公牛老大”。這部劇的內核是告訴我們如何在世界末日堅守人類文明的底線，如何不在浩劫之中放棄現代社會所遵循的規則。病毒不是末日，放棄美國的現代法制文明，重回個人崇拜的瘋狂時代纔是末日。
