慢性腎小球腎炎（慢性腎炎）的發病有很多因素，如感染（如上呼吸道感染、消化道感染和泌尿道感染）、自身免疫功能紊亂（如系統性紅斑狼瘡）、某些藥物（如青黴素、止痛藥和某些中藥）、食物（如海鮮導致的過敏）、遺傳（如多囊腎、系統性紅斑狼瘡、IgA腎病）和環境（某些有機溶劑）等，其中免疫機制幾乎參與了各種病因導致的發病過程。
免疫機制包括兩種方式：體液免疫和細胞免疫。體液免疫主要是B淋巴細胞產生抗體，和外來的抗原或者自身的抗原結合形成免疫複合物，並且在腎臟沉積導致發病;細胞免疫則是T淋巴細胞或單核巨噬細胞侵犯腎臟，並觸發免疫反應導致腎臟損傷。
與免疫機制密切相關的還有炎症反應，無論是體液免疫還是細胞免疫，在免疫反應過程中會產生大量的炎性細胞和炎性因子，在正常情況下，這些炎性細胞和炎性因子會殺滅外來的細菌和病毒，但在異常的情況下，它們殺滅自身的腎臟細胞，形成腎炎。
此外，在慢性腎炎的發展過程中，一些非免疫因素也起了重要作用，如高血壓、高血脂、蛋白尿等，這些因素均可以加重腎臟損害，這就是爲什麼在治療腎炎過程中除了使用激素和免疫抑制劑，往往還需要降血壓、降血脂和降蛋白的原因。
