第一就是胚胎髮育階段，實心期中腸空化不全可以產生腸閉鎖或者是狹窄。
第二就是胎兒期腸管某部的血運障礙，比如胎兒發生腸扭轉、腸套疊、胎便性腹膜炎以及黏連性的腸絞窄、腸穿孔、內疝、腸繫膜血管發育畸形，致成腸管某部位的血液障礙，使腸管發生壞死、吸收、修復等病理生理過程，而形成的腸閉鎖。
那麼常見到的有切除標本的腸腔內呈現腸道里的改變，並多次見到腸閉鎖合併腹腔內粘連及散在鈣化竈的病例。
先天性腸閉鎖最常見於空腸下段及迴腸，十二指腸次之，結腸閉鎖則較爲少見。而腸狹窄則以十二指腸最多，迴腸較少。腸閉鎖有兩種病理狀態，一種爲模式閉鎖腸管內由於隔膜將腸腔隔斷形成閉鎖，多見於十二指腸及空腸，外觀仍保持其連續性。
