淋病性尿道炎有各種合併症，主要有前列腺炎、精囊炎、附睾炎。
1. 前列腺炎
急性前列腺炎是淋球菌進入前列腺的排泄管、腺體引起的，有發熱、寒戰，會陰疼痛及伴有排尿困難等尿路感染症狀。檢查時前列腺腫脹、壓痛。但是淋球菌不是引起急性前列腺炎的常見病因。淋球菌引起的前列腺主要表現爲慢性病變，，其症狀輕微，有會陰部不適，陰莖痛，早晨尿道口有“餬口”現象，尿中見到淋絲，前列腺按摩液有膿球及卵磷脂減少，塗片或培養找到淋球菌，肛診可在前列腺上觸到小結節，並有不適或痛感，在排泄管附近排膿形成瘢痕性收縮影響射精，造成不育。
2. 附睾炎
一般發生於急性尿道炎後，單側居多。有低熱，附睾腫大疼痛，同側腹股溝和下腹部有反射抽痛，初起與睾丸界限清楚，漸漸不清，睾丸觸痛，腫大，劇烈觸痛。尿液常混濁。同時可有前列腺和精囊炎。
3. 精囊炎
急性時有發熱、尿頻、尿急、尿痛，終未尿混濁並帶血。直腸檢查可觸及腫大的精囊同時有劇烈的觸痛，慢性精囊炎一般無自覺症狀，直腸鏡檢查出精囊發硬，有纖維化。
4. 尿道球腺炎
發生在會陰或其左右，出現指頭大小結節、疼痛，急性可化膿破潰，壓迫尿道而排尿困難，可有發熱等全身症狀，進展緩慢。
5. 尿道狹窄
反覆發作者可引起尿道狹窄，少數可發生輸精管狹窄或梗阻，出現排尿困難，尿線變細，嚴重時尿瀦留。繼發輸精管狹窄，精囊囊腫與不育。
