（1）先天性小陰莖：陰莖是男性的性交器官，先天性陰莖發育異常均可影響性交活動，嚴重者將導致不育。先天性陰莖發育異常並不多見，臨牀常見的有先天性陰莖不發育、隱匿陰莖、異位陰莖和小朋莖。先天性陰莖不發育、隱匿陰莖，臨牀上表現為無勃起和性交能力，這種罕見的先天性發育異常對治療男性不育症已無臨牀價值。異位陰莖多伴有尿道下裂，臨牀上在治療尿道下裂的同時可做矯正手術。
先天性小陰莖是造成男性不育的一種重要的先天性陰莖發育異常疾病，指男性進入青春期後陰莖仍處於兒童型狀態，陰莖外形正常，只是陰莖過小，長度小於5釐米，多伴有睾丸異常和其他潛在的內分泌功能不足。
（2）尿道下裂：男性尿道是精子排出體外的必經之路，正常開口於陰莖頭的前中部，這種解剖位置有利於性交時將精子射入女性陰道內，使之有機會受孕。若尿道開口發生先天性異常，一則妨礙性交，二則雖有性交活動也不能將精液射入女性陰道內，以致不育。男性尿道開口異常較常見的有尿道上裂和尿道下裂兩種。尿道下裂較常見，據統計約每1000個出生男嬰中有8例，而尿道上裂較少見，每95000個出生嬰兒中約有1例。尿道下裂根據尿道開四位置不同分為冠狀溝型、陰莖型、陰莖陰囊型和會陰型．其中冠狀溝型多見，約佔87％。
