針對不同的醫療保險制度分屬不同部門主管，帶來資源浪費、重複參保等問題，全國人大常委會委員建議進行整合。
哈斯巴根委員指出，職工醫保、居民醫保由人社部門負責，新農合、醫療救助分別由衛生和民政部門負責，三個部門內部都層層設置專門機構或指定人員從事基本醫療保障工作，每個定點醫療機構內部都分別設置職工醫保、居民醫保、新農合報銷窗口，每個醫院幾乎都有三四個窗口，負責結算工作，造成了管理體制不順、經辦資源不足與浪費並存。他建議，將職工醫保和居民醫保、新農合、城鄉醫療救助逐步合併歸一個部門管理。
據統計，今年10月底城鎮職工和城鎮居民醫保參保人數達4.24億，新農合參合人數達到了8.35億人，兩個數字加起來12.6億，“這個數字表明全國人民都被覆蓋了，而現實並非如此”。鄭功成委員分析，由於部門的分割、經辦的分割，重複參保的人數估計在1億人以上，浪費了資源。
他以自己到一個城市的調查爲例，原有一套醫保信息系統，後又要建一個農民合作醫療信息系統，投入達6000萬，“全國三百多個城市，如果每個地方兩套信息系統，加起來就是200多億，更重要的是兩套信息系統不兼容，後患無窮。”他認爲，醫改下一步要解決統一經辦，實現一套經辦機構一套信息系統，這應當作爲重中之重的改革任務。
“理性看待基本藥物制度”
對於基本藥物制度在緩解看病貴看病難問題上應如何期待，任茂東委員表示不宜估計過高。
他分析，目前醫院醫療服務的供給水平、技術裝備、藥品等都已接近發達國家。按這種服務供給水平保障全民，是政府、社會和公民個人都難以承受的。看病貴看病難的問題不是基本藥物造成的，而是貴在了用藥結構上，特別是進口藥品和耗材更高，而基本藥物在整個藥品消費中的比例很低。
任茂東表示，據統計基本藥物的消費只佔藥品消費的10%左右，零差價就更少。零差價後政府資金補貼不到位，醫療人員的積極性如何調動？他建議在宣傳基本藥物制度時應避免說過頭話。
列席會議的全國人大代表夏績恩今年9月對藥品價格進行了調研分析，他隨機抽選了52種藥品，只有一種藥品招標價格比非招標價格便宜13%，其差價爲2.6元。其他51種平均零售價格都高於藥店平均價格30.7%，價差爲7.39元。
其中，隨機抽選的52種藥品中因爲有一部分是基本藥物，有一部分是非基本藥物，抽選的基本藥物目錄招標價格都比發改委公佈的最高零售價格低。
他建議切實加強對藥品集中採購中價格的監督管理，從根本上解決藥品虛報價格，他以調研爲例，很多省份發改委定了價，有的招標價格剛剛和發改委一致，可以看出發改委的價格是不符合實際的，是虛高的。
“醫院應解決行政化問題”
列席會議的全國人大教科文衛委員會委員馬力針對管理體制問題提出實行管辦分離，資源整合。她分析，衛生部門直接管着下面的醫院，思路和大部分的措施主要是從醫院怎麼能生存、醫生怎麼能更好地調動積極性方面考慮，而對於民衆怎樣降低醫療費用、得到高質量的服務，主要在第一條“醫療保障制度建立”中得以集中體現，後面改革思路則體現得不夠。
她認爲，衛生部門的職能應是全行業的管理、提供基本的公共衛生服務、制定衛生規劃，還有醫療衛生機構的設置人員、大型設備配置等實施許可管理、對醫療服務進行質量管理等。下面應該設專門的醫療管理委員會管理醫院，它是獨立的，要實施管辦分離才能真正解決醫院的行政化問題，衛生部門才能踏下心來站在國家、醫院、民衆的立場共同思考改革問題。
