手術是治療肛瘻的主要手段，手術治療肛瘻的基本原則是去除病竈、通暢引流，儘可能減少肛管括約肌損傷，保護肛門功能。由於肛瘻的複雜性和一些特殊的病理背景，肛瘻術後有一定的複發率。
肛瘻手術後，又重新犯病的原因有以下幾個方面：
1、內口複雜：即瘻內口二個或二個以上時，尋找內口不完全，導致復發。
2、瘻支管及其瘻空腔清除不徹底：即在手術中沒有刮乾淨壞死組織或清除支管，即可導致復發。
3、內口處理不當：絕大多數是因爲內口沒有找準確，或沒有把感染的原發竈即內口徹底清除。
4、肛門腺處理不當：據近年來的研究表明，肛門腺感染是肛瘻的重要病因，因此，要切除乾淨內口，以及內口附近有炎症的肛門腺及肛門腺導管。
