肛門直腸周圍膿腫常有的症狀是：先感到肛門周圍出現了一個小硬塊或腫塊，繼而疼痛加劇、紅腫發熱、墜脹不適、坐臥不寧、夜不能眠、大便祕結、排尿不暢成裏急後重等直腸刺激症狀。並隨之出現全身不適、精神疲憊乏力、體溫升高、食慾減退、寒戰高熱等全身中毒症狀。一般在1周左右可形成膿腫，在肛門周圍成直腸內指診可摸到柔軟、壓痛、有波動的腫物，用注射器穿刺可抽出膿汁。若自行潰破或切開排膿後疼痛緩解或消失，體溫下降，全身情況好轉。但流膿的傷口卻不易癒合或暫時癒合後又復發流膿，經久不愈，就成爲肛瘻。
由於膿腫發生的位置不同，症狀也不同。
1.肛周皮下膿腫主要是疼痛，最初爲脹痛、化膿時跳痛、排便時疼痛加重，膿腫在肛門前方可發生尿瀦留，膿腫在肛門後方出現尾骶部疼痛。全身中毒症狀輕，局部腫脹，發紅、壓痛、有波動感。
2.坐骨直腸窩膿腫患者有周身不適、發熱寒戰、體溫升高等全身中毒症狀。局部見肛門一側腫脹、發紅、灼痛、跳痛、壓痛、坐臥不安，活動和排便時痛加重，有排尿困難等。
3.骨盆直腸窩膿腫患者全身症狀重，先寒戰高熱，周身疲倦，嚴重者可有敗血症的中毒症狀。局部症狀輕，僅有直腸下墜感，痠痛或不適的表現，亦可發生排尿困難。
4.直腸後膿腫全身症狀與骨盆直腸窩膿腫相似，但局部症狀主要在尾骶腰部酸脹墜痛，向背部及兩側大腿放射，尾骨有壓痛，患者不能端坐。
5.直腸粘膜下膿腫患者有周身不適，疲倦，發熱。局部以直腸刺激症狀爲主，有裏急後重，下墜，便次多或便意感等。
結核性肛門直腸周圍膿腫與上述細菌性感染不同，患者常是慢性發病，膿腫經數週、數月後才能形成，局部疼痛不劇烈，伴有低熱，局部紅腫也不明顯，破潰後流出的膿液清稀、乳白色，膿口凹陷，周圍皮膚髮青或呈青白色，常有多個流膿的外口，經久不愈。全身檢查可以發現肺部、大腸或其他部位的結核病竈，膿液培養可找到結核桿菌。
