補充和替代療法的支持者舉出了幾個這些療法未能接受徹底驗證的原因。一方面，大型醫療試驗非常昂貴，如果沒有專利的前景一般是不鼓勵投資研究的。另外，可靠的、道德的實驗需要大量的專業知識。而許多具有所需技能的科學家都不願意對他們認爲是不可信的治療方法進行研究。
然而，也並不是沒有這方面的研究。美國政府有一個機構（NCCAM：美國國家補充替代醫學中心），專門用於研究補充和替代療法，並在2008年撥出了近3億美元用於這一領域（約佔醫療研究聯邦資助總額的1％）。國家資助的研究HIV病毒可能的治療方法的試驗包括鍼灸、瑜珈、自然能量療法和遠距離療法。
雖然補充和替代療法的醫生一般都聲稱支持對此進行科學研究，但他們往往不願意接受負面的結果。2005年，醫學雜誌柳葉刀發表了一篇有史以來關於順勢療法的最徹底的試驗報告。在對各種不同的疾病進行了100多個實驗和分析之後，作者總結說，
“沒有令人信服的證據表明順勢療法優於安慰劑。”
順勢醫療論者聯合起來反對這些實驗和報告。有人甚至認爲，以安慰劑爲對照的隨機試驗（被視爲醫療科學的黃金標準）對於他們的治療體系來說是極其不恰當的。
