對急性或慢性頭痛除病史，體格檢查外，輔助檢查尤爲重要，其中包括頭顱X線片、CT或MR掃描、腦血管造影、腦電圖、血常規、腦脊液化驗，腦血流圖、經顱多普勒及核素掃描等等。當然也包括五官科的檢查。
頭痛的輔助檢查方法包括以下幾個方面：
1、腦CT、MR
腦CT是診斷頭痛的一項很重要的手段，它可以區別功能性和器質性頭痛。高度懷疑器質性頭痛的患者，如果普通的腦CT掃描結果爲正常，也不能排除微小病變的可能，還要作增強CT掃描。MR又叫核磁共振，它能更清晰、更精確地作出定性定位診斷，而早期發現很小的病竈。因此，腦CT是診斷頭痛常用的檢查方法，MR是診斷頭痛更準確的手段。
2、頭顱X線片
頭顱X線片對慢性顱高壓性頭痛及顱骨病變引起的頭痛診斷價值較大。如慢性顱高壓中，可見到顱骨血管壓跡變淺，顱骨變薄;如腫瘤、腦寄生蟲等，可見到顱骨吸收、增生或顱內鈣化點等;也可以幫助診斷鼻源性和耳源性疾病引起的頭痛，其費用少，也實用。
3、腦電圖
功能性頭痛，腦電圖通常不出現異常，極少數可表現異常（如癲癇性頭痛）;器質性頭痛，腦電圖有一定參考意義，尤其是腦腫瘤、腦血管病、腦外傷、顱內炎症等，在局部顯示出異常腦電波。
溫馨提示：腰穿的目的是取腦脊液作化驗檢查，對區分器質性頭痛或功能性頭痛，有重要的價值，如腦脊液細胞成分改變，可以區別有無腦出血、腫瘤、炎症、結核、隱球菌及寄生蟲等病變。還可鑑別高顱壓頭痛或是低顱壓頭痛。腰穿也是診斷頭痛的重要檢查之一。
