1.瞼內翻及倒睫：在沙眼的後期，病變可侵及瞼板，因瘢痕組織收縮而變短，加之瞼結膜，特別是瞼板上溝部位因瘢痕而收縮，遂使瞼板向內彎曲如舟狀，形成典型的瞼內翻倒睫。倒睫亦可單獨發生，乃由於毛囊附近受病變侵犯後產生的瘢痕所致。倒睫的長期刺激，可使角膜淺層呈現瀰漫性點狀浸潤，繼而上皮剝脫，形成潰瘍，稱沙眼性角膜炎或沙眼性角膜潰瘍，此時病人異物感、怕光、流淚、疼痛、及視力模糊等症狀。應及時作內翻矯正及電解倒睫術，以免造成嚴重的損傷。
2.沙眼性角膜潰瘍：在血管翳的末端有灰白色點狀浸潤，一旦破潰，即形成淺層潰瘍，這些潰瘍可以互相融合，形成小溝狀潰瘍。這種由沙眼血管翳所引起的潰瘍，與倒睫所引起者，均稱爲沙眼性角膜潰瘍。前者以用藥物治療爲主，後者應做手術矯正瞼內翻倒睫。
3.上瞼下垂：由於上瞼結膜及瞼板組織增生肥厚，使上瞼重量增加;同時病變侵及苗勒氏肌和提上瞼肌，使提瞼功能減弱，因而發生上瞼下垂，治療仍以沙眼爲主。
4.沙眼性眼乾燥症：由於結膜表面瘢痕化，將結膜的付淚腺及杯狀細胞完全破壞，淚腺排泄管在上穹窿部的開口也被封閉，粘液和淚液完全消失，結膜及角膜變乾燥，嚴重時結膜角膜呈瀰漫性實質性混濁，上皮角化、肥厚，形似皮膚、視力極度降低，此時應點魚肝油或人工淚液（含有甲基纖維素methylcellutose）以減輕結膜、角膜乾燥。或行淚小點封閉術，以減少淚液的流出。
5.淚道阻塞及慢性淚囊炎，沙眼衣原體侵犯粘膜，可引起淚小管阻塞，或鼻淚管阻塞，進而形成慢性淚囊炎。
