妊娠期常因一些合併症而必須用藥治療，只要做到合理用藥，能夠防止胎兒受母體疾病的影響。
如有人觀察患重症結核的孕婦，用異煙肼、鏈黴素和對氨基水楊酸鈉治療後，可使新生兒營養不良的發生率比對照組下降一半，死產也有減少；患缺鐵性貧血或糖尿病的孕婦，分別應用鐵劑和胰島素治療，能減少胎兒和新生兒的病死率；
奎寧雖可引起流產、早產，但是當孕婦患瘧疾須用此藥時，用藥後有時還可減少因瘧疾引起的流產或死胎。
鑑於許多藥物可以自由地通過胎盤，所以孕期用藥應注意以下幾點：
1） 沒有一種藥物對胎兒的發育是絕對安全的。
2） 只有藥物對母親的益處多於對胎兒的危險時才考慮在孕期用藥，若有可能，在懷孕的前三個月應避免用任何藥物。
3） 藥物對胎兒的作用可能與預期發生在母親身上的藥理作用不同，如反應停曾作爲抗早孕反應藥，但可引起胎兒多肢體畸形。
4） 某些藥物可能對胎兒有遲發的不良反應，如己烯雌酚可致陰道癌、泌尿生殖系統異常，大劑量應用時，可降低雌性後代的繁殖力。
5） 孕期藥物代謝比非孕期明顯減慢。
6） 致畸藥如細胞毒性藥物，只能給予那些採取可靠避孕措施的育齡婦女。
