引起細菌型敗血症的細菌，常見的有金黃色葡萄球菌、大腸桿菌、肺炎鏈球菌或者肺炎克雷伯菌，小兒免疫力功能低下者其致病菌可以是表皮葡萄球菌，一般一經發現，要選擇針對性強的抗菌藥物，病情危重者以選取兩種抗菌藥物聯合應用，抗菌藥物要足量，開始治療時劑量一片大，如果是葡萄球菌敗血症，可以選用頭孢錯林、頭孢氨苄、頭孢、阜新之或者是喹諾酮類的藥物，左氧氟沙星，還可以聯合使用阿米苄星、慶大黴素等。
若是革蘭氏陰性桿菌所導致的敗血症，那麼可以從第二三代頭孢菌素中選擇一種頭孢呋辛酯或者是頭孢克洛，可以與慶大黴素或者是阿米苄星聯合。對於綠膿桿菌所引起的敗血症，要選用哌拉西林，他把他唑巴坦、頭孢哌酮、舒巴坦等。如果是厭氧菌敗血症，那麼在選用藥物的時候，還要兼顧抗厭氧菌的和需氧菌的藥物聯合使用。如果是真菌性的敗血症，等真菌與細菌性感染同時存在，那麼要兼顧兩個兩者，選用藥物進行治療。
