正常情況下，子宮內膜生長在子宮腔內，受體內女性激素的影響，每月脫落一次，形成月經。如果月經期脫落的子宮內膜碎片，隨經血逆流經輸卵管進入盆腔，種植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成異位囊腫，這種異位的子宮內膜也受性激素的影響，隨同月經週期反覆脫落出血，如病變發生在卵巢上，每次月經期局部都有出血，使卵巢增大，形成內含陳舊性積血的囊腫，這種陳舊性血呈褐色，黏稠如糊狀，似巧克力，故又稱“巧克力囊腫”。這種囊腫可以逐漸增大，有時會在經期或經後發生破裂，但很少發生惡變。
卵巢巧克力囊腫，又稱卵巢內膜異位囊腫，是因子宮內膜“飄洋過海”，“移民”到卵巢內引發的一種疾病，它是子宮內膜異位症中最常見的一類，與腫瘤性質的卵巢囊腫有本質的區別。子宮內膜“移民”到卵巢內後，仍受卵巢性激素的週期性影響。
當月經來潮時，“僑居”卵巢內的異位內膜也會發生“月經”樣出血，“經血”無法排出體外，只得瀦留在卵巢內。脫落於“經血”中的異位內膜像種子一樣，繼續種植於卵巢內，就是如此周而復始的循環，月復一月，年復一年，瀦留於卵巢內的“經血”越積越多，就形成了由小到大的囊包，醫學上稱爲“卵巢內膜異位囊腫”，由於囊腫內的血是長期瀦留的陳舊血，外觀呈巧克力糊狀，故又稱爲“卵巢巧克力囊腫”。這種囊腫可以逐漸增大，有時會在經期或經後發生破裂，但很少發生惡變。
巧克力囊腫是婦科病中最複雜的病，是患病女性揮之不去的夢魘，它是最不易治療的良性腫瘤。它到處粘連，四處流竄，治療之後又很容易復發，纏綿難愈。無論是保守手術還是藥物治療，效果均不理想，而根治手術又不適合想要生小孩的女性。據瞭解，巧克力囊腫已經成爲現代女性的多發病，它在大齡未生育的女性中並不少見，有人甚至認爲它很可能成爲這個世紀最爲嚴重的婦女疾病之一。 因此用藥品等方法治癒卵巢巧克力囊腫的重任歷史性的落在祖國傳統醫學的身上。
具不完全統計，一個省級三甲醫院每天都有幾臺卵巢巧克力囊腫切除術，全國有多少這類的醫院?每年要切掉多少女士的卵巢，子宮?外科手術的確治癒了很多患者，但同時也切出了多少人間悲劇!
巧克力囊腫除了讓女性在每個經期痛苦萬分之外，引起的最大麻煩就是不孕。因爲它會傷害到體內的組織，如果在腸胃附近，就會造成腹瀉腸胃疼痛;如果是在卵巢，就會影響到卵巢、輸卵管功能，造成不孕。嚴重的巧克力囊腫甚至從根本上顛覆女性做母親的天職。
