卵巢囊腫的原因在很大程度上和遺傳因素有關，這方面就要求患者首先多注意家族疾病史。但對於大多數患者來說，卵巢囊腫的原因和自身身體健康和環境因素有很大的關係，這也是不能忽視的。
導致卵巢囊腫的原因還包括食物的污染，如蔬菜等使用的植物生長激素，如家畜家禽等配方飼養中瘦肉精類的激素成份。研究還發現，歐美國家卵巢腫瘤的高發病率可能與食物中膽固醇含量高有關係。
近年來我國隨着生活水平的提高及飲食習慣的西化，及一部分中親年女性濫用諸如豐乳、減肥、及減緩衰老等的激素類藥物及滋補品，是呈高發性、年輕化趨勢卵巢囊腫的原因之一。
卵巢囊腫的原因主要就是以上這些，要注意的是，這些因素往往會影響到女性內分泌系統，繼而引發一系列婦科疾病。因此，在分析卵巢囊腫的原因時，還要注意檢查患者的其他疾病的可能性。
