許多酵母種羣分泌有毒副產物，引發一系列消化疾病，如腸道易感染症候羣，慢性便祕或者腹瀉。其中一種有毒副產物是一種酶，它使得酵母能夠穿洞進入腸壁從而造成腸漏症候羣。由酵母產生的毒物在腸子上鑽孔穿透腸壁，滲透進入孩子的血流。最終，有毒物質可能是灼傷或者穿過血腦屏障，並且通過干擾流向大腦的營養物來損傷知覺，認知，語言或者行爲。
另外一個造成孩子大腦飢餓的機理是腸子沒有完全或者沒有適當地吸收蛋白質營養。一個健康的消化系統能夠把複雜的食物分解成身體細胞能夠吸收和代謝的形式。正如先前指出的那樣，許多自閉症孩子都有消化酪蛋白和谷蛋白的障礙。酪蛋白是奶蛋白，谷蛋白是麥子和相關穀物中的植物蛋白。蛋白質的基本機構是氨基酸，氨基酸的短鏈成爲縮氨酸。在消化過程中，許多蛋白質被分解成單個脂肪酸，其他的作爲稍大的鏈運輸起來。當食入的蛋白質被部分消化時，剩下的就是較長鏈的縮氨酸。一些自閉症研究者已經出版了科技文章，論述吸收不良，消化不良，以及尿中的不尋常蛋白質和縮氨酸的相關發現。在許多自閉症孩子當中，無法消化的蛋白質和縮氨酸來自酪蛋白和谷蛋白，大豆也經常是一個來源。
許多縮氨酸鏈隨着尿排出體外。然而，許多自閉症孩子有腸漏，超過容許界限的這類物質就進入血流。我們在第一章中論述過，當這類物質到達腦部的時候，會產生一種強度是嗎啡數倍的仿鴉片效果，通常這些特別的縮氨酸被稱爲鴉片體。
Paul Shattock博士，來自英國Sunderland 大學健康科學院自閉症研究小組，說他的研究表明在自閉症孩子大腦中的鴉片體的數量分自閉症的嚴重程度之間存在粗略的相關性。這些自然的類似嗎啡的物質好像毒害孩子並且擾亂他們的動機導向，情感，感知，反應，和他們大腦的正常發展。Paul Shattock博士說鴉片體過度刺激神經鍵並且割斷了通向大腦的正常信號傳輸。
在一些孩子當中，腸子不能有效地消化谷蛋白和酪蛋白，其部分原因是消化酶偏低。這些損傷可能是後天的，但對某些孩子來說也可能是遺傳的。對於
消化功能受損的孩子，一項治療就是在食物中補充消化酶。然而，最近一項研究發現儘管消化酶有幫助作用，但是其效果只是相當於禁食含酪蛋白和谷蛋白食物的一半。Shattock博士通知我們一個兩年的研究成果，就是許多自閉症孩子通過禁食獲得了改善，當時重新吃奶類和麥類後又出現不同程度的倒退。
在我的醫療實踐中，我已經看到了堅持禁食的自閉症患者取得的一些巨大進步。一個兩歲的孩子通常也是挑食的。無論年齡如何，通常很困難在開始一個新的治療方案時停止進食甜品。然而，爲了遏制其負面效果，還是值得去做的。正如我不斷重複的，現在我強烈建議每一個自閉症孩子的家長嘗試全面給孩子至少禁食4到6個月含酪蛋白和谷蛋白的食物。在第五章，我將詳細說明如何實現禁食。
