非淋性尿道炎併發症：
1、常與淋病同時感染。前者先出現淋病症狀，經抗淋病治療後，淋球菌被青黴素殺死，而衣原體、支原體依然存在。在感染1-3周後發病。臨牀上很易被誤認爲淋病未治癒或復發。
2、處理不當或治療不及時可引起併發症（1%）。如急性附睾炎、前列腺炎、結腸炎、咽炎。女性宮頸炎、宮頸糜爛、前庭大腺炎、陰道炎、輸卵管炎、盆腔炎、異位妊娠、不育等。
3、新生兒通過感染的產道、生後3-13d可發生眼結膜炎，眼部有粘液膿性分泌物，也可無分泌物。但多不侵犯角膜。下生後2-3周可發生肺炎。症狀不斷加重，呼吸急促爲其特點，但不發熱。其中半數患兒有眼結膜炎。
4、極少數病人可伴發Reifer綜合徵：尿道炎、關節炎、角膜炎、結合膜炎及皮疹。
