這是由艾滋病病毒的特殊性質決定的。
艾滋病病毒進入人體後，首先遭到巨噬細胞的吞噬，但艾滋病病毒很快改變了巨噬細胞內某些部位的酸性環境，創造了適合其生存的條件，並隨即進入T－CD4淋巴細胞大量繁殖，最終使後一種免疫細胞遭到完全破壞。
HIV感染後可刺激機體生產囊膜蛋白（Gp120,Gp41）抗體和核心蛋白（P24）抗體。在HIV攜帶者、艾滋病病人血清中測出低水平的抗病毒中和抗體，其中艾滋病病人水平最低，健康同性戀者最高，說明該抗體在體內有保護作用。但抗體不能與單核巨噬細胞內存留的病毒接觸，且HIV囊膜蛋白易發生抗原性變異，原有抗體失去作用，使中和抗體不能發的應有的作用。在潛伏感染階段，HIV前病毒整合入宿主細胞基因組中，免疫會把ＨＩＶ忽略不被免疫系統識別，自身免疫無法清除。
