沙眼衣原體是女性生殖道感染的常見病原體，近年來已成爲導致女性不孕不育的重要因素之一，其作用機制如下。
沙眼衣原體是造成女性生殖道感染最常見的病原體之一，而急、慢性生殖道感染可能引起生殖道粘連或是梗阻，若治療不及時，最終可能導致女性不孕不育。當沙眼衣原體感染伴解脲衣原體感染時會加重不孕不育，這是因爲在沙眼衣原體和解脲衣原體的共同作用下，會加重女性生殖道的損傷，不僅改變了受精的環境而影響精卵結合，還可能引起局部免疫反應使受精卵不能正常着牀。有研究發現沙眼衣原體感染和宮頸糜爛的關係密切，宮頸糜爛越嚴重，沙眼衣原體的感染率越高。約有26%~62%的急性輸卵管炎與沙眼衣原體有關，而急性輸卵管炎可轉化爲慢性，從而引起輸卵管粘連、阻塞，是引起女性不孕不育的重要因素之一。
有調查結果顯示，女性不孕不育患者沙眼衣原體的感染率明顯高於正常女性，而且沙眼衣原體陽性的女性不孕不育患者經過治療，轉陰者的妊娠率明顯高於沒有轉陰的患者。
