先天性發育異常是導致男性不孕不育的重要原因。先天性發育異常包括陰莖先天性發育異常、尿道先天性異常、睾丸先天性異常、其他先天性發育異常。
陰莖先天性發育異常：任何原因導致陰莖先天性病理改變均可影響性交活動，嚴重者導致不孕不育。
尿道先天性異常：男性尿道先天性異常，包括尿道上裂和尿道下裂。影響性交能力，精子不能輸入女性生殖道而造成不孕不育。再如先天性尿道憩室、先天性尿道狹窄等，皆有程度不同的射精障礙而影響孕育。
睾丸先天性異常：包括無睾、睾丸發育不全、異位睾丸、睾丸融合、隱睾、多睾、睾丸附睾分離等。均可干擾或破壞其正常的生殖功能，影響患者的生育能力或/和性能力。
其他先天性發育異常：如先天性附睾、輸精管發育不全及缺如造成輸精管道阻塞，精囊發育不全、缺如，前列腺發育不良、憩室等造成附屬性腺功能障礙而致不孕不育。再如射精管發育不全、梗阻及開口異常，亦可導致男性不孕不育。
