對於首次發生的腎結石，應儘快治療。常見的治療方法有碎石治療、開放式手術治療、運動治療，不管哪種治療法都要配合中藥化石治療，否則不能完全治癒，過一段時間就復發。手術和碎石都是輔助療法，只是對排石有幫助。
對腎結石的治療前需瞭解幾點：1、結石的具體位置。2、結石的大小。3、結石的數量。4、腎臟的功能。依據對上述情況的瞭解而作出治療的選擇。若結石不在腎盂及腎盞內則可不行處理，反之則行處理。結石小於0.5cm時可實行排石治療，當結石介於0.5-1.5cm時可採用體外振波碎石治療，在結石較大、數量多或腎功能不佳時，則選擇手術治療。體外振波碎石治療爲一種損傷較小的治療方法，將結石振碎後依靠尿流的作用排除結石，治療時痛苦小，一般均能耐受。但其排石需尿液的沖洗，故需有良好的腎功能。前列腺增生爲老年男性常見疾病，大多經藥物治療後可得到有效控制，只有部分患者出現嚴重的併發症時才需手術治療。
1、碎石治療
適應症體外震波碎石術目前已廣泛應用於臨牀並取得滿意療效，特別是對直徑在1.5cm左右的單個結石。隨着體外震波碎石術經驗成熟，目前已試用於鹿角結石及一些特殊結石，如腎小盞結石、蹄鐵腎結石、多發性大結石等治療。
2、開放式手術治療
適應症
非開放性手術取石新技術：如通過輸尿管腎盂鏡、經皮腎鏡取石等，逐漸在臨牀上廣泛使用，取得較好療效。對經上述非開放性手術、藥物治療及體外超聲碎石無效或有禁忌症者，以及一些複雜的結石，如大鹿角狀結石、某些多發性結石或有腎盂腎盞內腔狹窄的結石，合併嚴重梗阻造成急性尿閉，嚴重感染時，仍以開放性手術治療爲宜。
3、運動治療
腎上極結石及輸尿管上段、膀胱結石者：15分鐘後原地雙腳跳躍5分鐘以上，輸尿管中段結石患側單腳跳躍，輸尿管下段結石健側單腳跳躍。
腎臟中極結石：宜側臥，取患側向上臥位。
腎臟下極、下盞結石：不能應用以上方法，病友應當經常採用倒立或臀膝位(俯臥於牀，臀部擡高，頭低位)。有的醫師爲些類結石的治療專門發明了倒立牀。
注意：腎絞痛劇烈時應暫停運動療法，並及時至當地醫院治療。碎石治療後一般多臥牀休息2天后再開始實施運動療法。
