急性腎炎早期易與下列疾病相混淆，應引起注意。
(1)感染期尿異常 任何原因引起感染時，如細菌、病毒，尤其是乙型溶血性鏈球菌感染期間，約有1／3病人可出現輕度鏡下血尿、少量尿蛋白和管型，但無水腫和高血壓，當感染控制後，尿檢查即恢復正常。
(2)發熱性蛋白尿 可出現在任何發熱性疾病。在發熱期間尿中可查出蛋白和管型，但紅細胞很少，亦無水腫和高血壓。熱退後，尿異常迅速恢復。
(3)運動後尿異常 劇烈運動(如長跑、游泳、急行軍……)或過度勞累後，在數小時內即可出現尿異常—血尿、蛋白尿以至管型尿，但休息1—2天后(最遲少於7天)即恢復正常。在發生尿異常的同時無水腫及高血壓(個別人可有暫時高血壓)。
(4)局竈性腎小球腎炎 一般發生在感染期間(急性腎炎則發生在感染後2周左右)；局竈性腎炎以血尿爲主，蛋白尿很輕；感染治癒後，病人尿檢查恢復正常，預後好。與輕型急性腎炎僅有尿變化，而無水腫和高血壓相似。
(5)妊娠毒血症 多發生於妊娠中晚期，患者出現水腫、高血壓、蛋白尿和管型尿，嚴重者可發生高血壓腦病，尤以妊娠最後二個月時症狀更明顯。但缺乏血尿是其主要特徵，且腎功能大多正常，眼底可見視網膜動脈痙攣、出血、滲出等變化，產後絕大多數病人可恢復正常。
(6)狼瘡性腎炎 系統性紅斑狼瘡引起的腎損害，有時表現類似急性腎炎，常伴有皮疹、脫髮、光過敏、關節痛及心、肝、肺、腦和其他器官的病變，並多有發熱、白細胞降低，化驗抗SM抗體或DNA抗體及抗核抗體陽性。
(7)急性腎孟腎炎 急性腎炎若發生尿道、膀胱粘膜及腎臟充血水腫可引起膀胱刺激症狀，出現類似急性腎盂腎炎。但腎盂腎炎有發熱、血尿、白細胞均增多，尿細菌培養陽性、對抗生素治療有效，且無明顯水腫、高血壓等表現，尿中也無紅細胞管型。
(8)原發性腎病綜合徵 急性腎炎伴有腎病綜合徵表現者易與腎病相混淆。後者以大量蛋白尿(≥3．5克／日)及低蛋白血癥爲特徵，無血尿，前者有血尿，多無低蛋白血癥，鑑別要點爲腎病理檢查，前者爲瀰漫性毛細血管內增生性腎炎，後者可呈微小病變或其他慢性腎小球損害的病理改變。
