1.肛門皮膚擦傷 肛裂早期需與肛門皮膚擦傷。
2.腸道炎性疾病 某些腸道炎性疾病可伴有肛門周圍健康搜索的潰瘍，診斷時應注意鑑別健康搜索
①肛管結核潰瘍;②克羅恩病肛管潰瘍;③梅毒潰瘍;④潰瘍性結腸炎併發火罐網的肛裂。
肛裂症狀有明確特點，只要詳細訊問病史病程，以及疼痛、出血特點，診斷並不困難。但在診斷時，爲了提高診斷的準確性，防止失誤，應嚴格按問診、觸診、視診及活體組織病理檢查幾個方面加以鑑別診斷。
視診：急性肛裂肛門部可見分泌物，牽開臀部可見肛裂下端，如用探針輕觸裂口的下端，可引起疼痛;慢性肛裂常見有結締組織外痔。
指診：因括約肌痙攣肛門收緊，如用力過猛，常引起劇烈疼痛，有時須在局麻下檢查。肛門內摸到的裂口，急性者邊緣軟，底淺，有彈性，觸之敏感;慢性者邊硬突起，底深，無彈性。
窺器檢查：可見卵圓形潰瘍，或見細小裂口。急性肛裂的裂口邊緣整齊，底淺紅色;慢性肛裂的裂口邊緣不整齊，底深灰白色，有的嚴重肛裂者還可看到括約肌纖維。
鑑別診斷：須與結核性潰瘍、梅毒潰瘍、軟下疳和上皮癌等潰瘍相鑑別。其中潰瘍性結腸炎和肉芽腫性結腸炎併發之肛裂極易鑑別。
