體外衝擊波雖然安全有效，但有時在治療中或治療後也會出現一些副反應，一般不嚴重。其併發症及處理方法如下：
1.便血
如治療時胃腸道積氣過多，衝擊波損傷消化道粘膜會引起腸壁出血。一般出血輕微，可不需特殊治療即可自愈。在治療前做好腸道清潔準備，減少腸道積氣，可以避免損傷。
2.腎實質損害
一般腎損害輕微，可很快恢復，不留瘢痕。#p#副標題#e#
3.結石復發
多由於致結石因素未去除，或留下部分殘餘結石未完全排盡，以及碎石嵌頓於粘膜所致。防治辦法以預防爲主。
4.絞痛
多見於腎結石，多較輕，經給予解痙止痛藥對症治療均可緩解。如腎結石過大，碎石後出現輸尿管碎石堆積梗阻輸尿管，可採用對碎石堆積處再次碎石。
5.發熱
多內於尿路感染未加控制而碎石引起，或由於碎石堆積尿路梗阻所致，應給予抗生素治療，必要時作細菌培養及藥敏試驗而選用抗生素。
6.輸尿管內碎石堆積（石街）
這是因較大結石行碎石治療後較常出現的問題。如碎石後出現輸尿管內結石堆積引起梗阻，可採用碎石堆積處行體外衝擊波碎石以解除梗阻，必要時輸尿管鏡取石。
7.血尿
體外衝擊波仲石術後，幾乎所有病人都會出現程度不同的血尿，以腎結石多見。血尿的產生是在碎石過程中結石與周圍組織粘膜摩擦引起粘膜破損，結石碎片在排出移動時輕微劃破粘膜，還有衝擊波引起的水腫出血等原因引起。一般血尿較輕、血色淡紅，不需特殊治療，l一2天即可自行緩解和消失。
