肛瘻到底是什麼原因引起的呢？現代醫學認爲，肛瘻的病因主要是細菌感染。細菌以大腸桿菌、結核桿菌、變形桿菌爲主。細菌侵犯的部位是肛隱窩、肛門腺導管和肛門腺體。肛門腺感染、化膿，形成肛周膿腫，自然破潰，或經手術切開排膿後．膿腫壁由結締組織和肉芽組織增生、縮窄成管狀，外口縮小，內口繼續感染，不能自愈，即成肛瘻。膿腫破潰或切開引流後，常不能治癒。常見以下原因：
1.內口的存在：膿腫雖然破潰或已切開引流，但原發感染源，肛竇炎或肛腺感染仍可繼續存在，腸腔內容物也可從內口繼續進入瘻管。
2．肛門部不能靜養。膿腔不易粘合：排糞、排尿時，因括約肌收縮或因炎症刺激肛門括約肌，使肛門括約肌經常處於痙攣狀態。
3．腸腔中的糞便、腸液和氣體繼續進入瘻管，刺激管壁，使管壁結締組織增生變厚，管腔難以閉合。
4．膿腔引流不暢，或外口縮小，時閉時潰．膿液蓄積腔內，導致膿腫再發，並穿破而形成新的支管或竇道。
5．管道多在不同高度穿插過肛門括約肌。括約肌收縮阻礙膿液排出，以致引流不暢。除此之外，結核、克隆氏病、潰瘍性結腸炎、肛管或者腸癌和腹股溝淋巴肉芽腫等，也是形成肛瘻的病因。
目前多按肛管與括約肌的關係將肛瘻分爲4類：
1.括約肌間肛瘻 多爲低位肛瘻，最常見，約佔70%，爲肛管周圍膿腫的後果。瘻管只穿過內括約肌，外口常只有一個，距肛緣較近，約3～5cm。少數瘻管向上，在直腸環肌和縱肌之間形成盲端或穿入直腸形成高位括約肌間瘻。
2.經括約肌肛瘻 可以爲低位或高位肛瘻，約佔25%，爲坐骨直腸窩膿腫的後果。瘻管穿過內括約肌、外括約肌淺部和深部之間，外口常有數個，並有支管互相溝通。外口距肛緣較近，約5cm左右，少數瘻管向上穿過肛提肌到直腸旁結締組織內，形成骨盆直腸瘻。
3.括約肌上肛瘻 爲高位肛瘻，少見，佔5%。瘻管向上穿過肛提肌，然後向下至坐骨直腸窩穿透皮膚。由於瘻管常累及肛管直腸環，故治療較困難，常需分期手術。
4.括約肌外肛瘻 最少見，佔1%，爲骨盆直腸膿腫合併坐骨直腸窩膿腫的後果。瘻管穿過肛提肌直接與直腸相通。這種肛瘻常由於克隆病、腸癌或外傷所致，治療要注意其原發病竈。以上分類在高低位方面較細緻，有利於手術方法的選擇。
如肛管左右側均有外口，應考慮爲“蹄鐵型”肛瘻。這是一種特殊型的貫通括約肌肛瘻，也是一種高位彎型肛瘻，瘻管圍繞肛管，由一側坐骨直腸窩通到對側，成爲半環型，如蹄鐵狀故名。在齒線附近有一內口，而外口數目可多個，分散在肛門左右兩側，其中有許多支管，向周圍蔓延。蹄鐵型肛瘻又分爲前蹄鐵型和後蹄鐵型兩種。後者多見，因肛管後部組織比前部疏鬆，感染容易蔓延。
