在男性不育症中，精子密度低於2千萬/毫升而激素檢查無異常發現者，即應考慮做此項檢查，以區別少精子、無精子是生精障礙所致還是輸精管道阻塞所致。此外，對內分泌功能紊亂所致的少精子症，也可通過睾丸活檢判定生精上皮的功能狀況，判定是原發性還是繼發性性腺功能低下，以便決定治療方法。對因精索靜脈曲張所致的不育患者，通過睾丸活檢，可瞭解和判斷生精上皮的損害程度及有無恢復的希望，以決定對靜脈曲張是否進行手術治療。在不孕症的治療過程中，通過睾丸活檢還可以判定治療後的結果，以便延續和改變治療方案，對指導治療均有很大意義。
除男性不育外，睾丸活檢還用於瞭解隱星老睾丸有無惡變，以及協助早期診斷生殖細胞腫瘤等，而對那些確診爲睾丸生精功能已徹底喪失的患者，以及因染色體病所致的不育，則沒有做睾丸活儉的必要。
睾丸活檢會造成不育嗎？
在臨牀許多需要進行睾丸穿刺檢查的患者，擔心睾丸活檢會破壞睾丸中的曲細精管，以及因精子從曲細精管外泄，會造成免疫反應，反而會導致不孕。其實，這種擔心並無必要。
男人的每個睾丸約有300-1000條曲細精管，其總長度可達二三百米，而且曲細精管是通過幾十條小管道與睾丸輸出小管相連接的。因此切取或抽吸少量睾丸組織對整個曲細精管的結構及其輸出管道並無什麼影響。至於出現的免疫反應，一般說來在睾丸活檢後也極微弱或者亦不出現，但如果手術操作魯莽，使睾丸組織損傷過大或術後發生感染，則有可能引起免疫反應。
總的說來，睾丸活檢不會損害睾丸原來的生育能力。不育患者做完睾丸活檢經治療仍然未能生育，一般說來也不是睾丸活檢本身造成的，還應從病理和治療方案上加以考慮。
