(一)病毒性感染症
1.鉅細胞病毒感染是一種少見病，但在AIDS患者中約佔90%，是AIDS常見的併發症，也是AIDS患者致死的一個重要的合併症，感染可累及肺，消化道，肝及中樞神經系統和多個臟器，約有1/3患者合併網膜炎，臨牀症狀爲發燒，呼吸急促，發紺，呼吸困難等，胸部X線照片多出現間質性肺炎的改變，雙肺野可見瀰漫性的毛玻璃或網狀小顆粒狀陰影，晚期因肺泡腔中分泌物貯留而發展爲肺泡改變，AIDS患者對鉅細胞病毒的抗體效價升高。
2.單純皰疹病毒感染症：單純皰疹病毒(Herpes Simplox Virus，HSV)引起的感染症與CD4T淋巴細胞數有關，在口脣，陰部，肛周處形成潰瘍病變，皰疹性瘭疽(廣泛皮膚糜爛)等難治病變，疼痛明顯，也可以見到皰疹性肺炎，消化道及皰疹性腦炎，血清學方面診斷意義不大，可用基因診斷方法確診，治療選用無環鳥苷靜滴。
3.帶狀皰疹(Herps zoster)本症是由水痘——帶狀皰疹病毒(Varicella-Zoster virus，VZV)引起，在美國50歲以下的患帶狀皰疹者應懷疑有HIV感染的可能，非洲多數患者呈現顏面帶狀皰疹以至發展網膜壞死，治療同單純皰疹病。
(二)細菌性感染
1.非典型抗酸菌症：AIDS患者併發細菌感染，多爲分枝桿菌所致的全身感染，本病無自覺症狀，在臨牀上也沒有特異性的表現，有些病人出現盜汗，高熱，全身衰弱，腹瀉，腹痛，吸收不良等消化系統症狀，此外還可見到貧血，體重下降，診斷主要靠血液培養，治療多用抗結核藥物，但常常有耐藥性，由於該感染不會危及生命，所以可採取消炎，解熱鎮痛劑及加強營養等對症療法。
2.結核病，AIDS患者常常發生結核病的復發，以肺外重症全身感染多見，胸X片多爲正常，由於AIDS患者免疫系統受到破壞，所以結核菌素反應多爲陰性，因多爲全身感染，故在糞便，血液，尿，痰以及淋巴結，肺，肝，胃腸粘膜，骨髓等活檢標本的塗片，培養均有結核菌的存在，在診斷上意義較大，治療可用抗結核藥物，由於結核菌可以通過飛沫感染等方式向健康人擴散，對可疑併發結核病的AIDS患者應服用雷米封預防。
(三)深部真菌感染症
1.念珠菌病(Candidiasis)念珠菌感染是機會真菌症中最常見的一種，在AIDS中顯得優爲突出，除了合併皮膚，口腔淺部念珠菌感染外，還可引起食道念珠菌病，可出現體重減少，倦怠感，非特異的消化系統症狀主要有嚥下困難，胸骨後疼痛，診斷可進行白色念珠菌分離，AIDS早期診斷依據中，本症佔很重要的位置，治療，採用抗真菌劑，可使症狀好轉，但易再發，顯示難治性。
2.隱球菌病(Cryptococcosis)AIDS患者合併隱球菌病的發病率爲6%，以腦脊髓膜炎最爲多見，亦可合併肺隱球菌病或隱球菌心外膜炎，臨牀上主要表現爲發熱，頭痛，倦怠感，羞明，精神狀態變化，痙攣等症狀，腦脊液檢查在診斷上很重要，蛋白，細胞數增加，髓壓升高，糖減少等。
(四)原蟲，寄生蟲侵染。
卡氏肺孢子蟲性肺炎(Pneumocytsis carinii pneumonia PCP卡氏肺炎)：卡氏肺孢子蟲是衆所周知的典型的機會感染的病原體之一，一般在健康人的肺泡中也有寄生，但多爲不顯性，也是人畜共患的一種疾病，當其宿主免疫功能受某種原因使其減退時得以繁殖及發揮其病原性，在AIDS中由於免疫系統受到損害，而導致卡氏肺孢子蟲肺炎的發生。
卡氏肺包子蟲肺炎是非常重要的機會感染症，在初發AIDS時有60%併發此症，全病程中將有80%-85%合併本症，初期症狀由於低氧血癥出現進行性呼吸障礙爲特徵，特別是勞動時出現氣喘，呼吸困難，乾性咳嗽，發熱等自覺症狀。
胸X片所見，多爲非特異的浸潤陰影，5%顯示正常，咳痰粘稠，確診需檢出卡氏肺孢子蟲，取材時先洗淨支氣管肺泡，經支氣管取材或開胸取肺組織活檢。
關於ADIS併發卡氏肺炎與非AIDS併發卡氏肺炎，在臨牀上有所不同，見表3。
表3 AIDS合併卡氏肺孢子蟲肺炎與非AIDS合併卡氏肺孢子蟲肺炎的不同點
項目AIDS並PCP非AIDS並PCP
流行病學發病率高
美國佔60%～64%
日本佔半數發病率低
CDC：0.01～1.1%
Stjode C.R.H22%～42%
日本京都醫大兒科30.6%
前驅症狀潛伏期長(1～27日平均28日)比較短(1～15日平均5日)
臨牀症狀比較緩慢症狀長時間持續，發熱，PaO2，x-p等稍緩慢發病急
症狀急劇
治療效果約兩週以上約1～2周以內
ST合劑的副作用發疹等副作用頻發發病率64.7%副作用輕微者多發病率11.8.%
死亡率一次發病到死亡約佔50%20%～50%
再發率高(約20%)低(成人基本0%，小兒佔11.8%)
病理組織象的改善表現延遲多經治療，早期改善
P.C的殘留長期殘留者多由於治療，顯著減少
全身播散可能性多(?)少(?)
治療：複方新諾明爲首選藥物，其有效率與AIDS以外的其他免疫缺陷患者幾乎相同，約佔50%～60%，但該藥引起的藥物性發熱，皮疹，白血球，血小板減少，肝功能障礙等副作用的發生率較高，在不經治療情況下，幾乎100%死亡。
AIDS患者還可併發類似於孢子蟲病，如阿米巴病，毒漿體原蟲病，隱性孢子蟲病。
