引起先天性心臟病的原因通常有環境因素、遺傳因素、感染因素。
據調查統計，目前環境因素是造成我國小兒先天性心臟病的主要因素，如孕婦接觸放射和重金屬，在工作中接觸有機溶劑及吸菸、飲酒等均與發病有關。另外，缺氧環境也可能是發病的因素。雖然引起小兒心臟發育畸形的根本原因目前仍不十分清楚，但改善環境因素，做好孕期（特別是懷孕早期）的保健對預防小兒先天性心臟病的發生尤爲重要。
孕婦的居住空間應空氣新鮮、陽光充足，嚴禁接觸放射性物質，避免在空氣污染較重的環境中工作和生活;食用新鮮蔬菜應該用清水多次浸泡以便減少殘餘農藥;不吸菸、不飲酒。
