淋菌絕大多數通過性交經粘膜傳播，多爲男性先感染淋菌再傳播給女性，以子宮頸管最常見，同時可以波及尿道、尿道旁腺、前庭大腺等處。淋菌表面有菌毛，吸附於精子進入子宮管，並在該處柱狀上皮細胞內引起炎症，使上皮細胞壞死脫落，白細胞增多，膿液形成。若病情繼續發展，可引起子宮內膜炎、輸卵管炎或輸卵管積膿，直至發生腹膜炎。
間接傳播途徑主要通過接觸染菌衣物、毛巾、牀單、浴盆的物品及消毒不徹底的檢查器械等，所佔比例很少。
