各種疫苗均具有一定的保護率，由於受種者個體的差異，少數人接種後不產生保護作用，仍有可能會發病。另外，如果接種疫苗時受種者恰好已處在該疫苗所針對疾病的潛伏期，接種後疫苗還未產生保護作用，所以接種疫苗後可能會偶合發病。
注射乙肝疫苗是目前預防乙肝的有效措施。不過，許多因素可影響乙肝疫苗的預防效果，因此不能掉以輕心。例如：
1、被動吸菸
有關的調查發現，被動吸菸的兒童體內抗體水平下降較快。抗體水平下降較快後，抗體的保護效果就會減弱，因此，就容易導致兒童感染上乙肝病毒。
2、肥胖
專家認爲，接種乙型肝炎疫苗後，肥胖兒童感染乙型肝炎的機率是正常兒童的3.5倍。
3、挑食
挑食的兒童常常有某些營養缺乏，使機體免疫反應功能降低，體內產生的抗體有限，因而易受乙型肝炎病毒的感染。
疫苗劑量影響接種效果
疫苗劑量對接種效果有一定影響。實踐證明，小劑量每次1微克～10微克，3次的乙肝表面抗體轉陽率近期觀察效果相似，但遠期效果不如每次30微克，特別是首次30微克的預防組。研究發現，接種乙肝疫苗後產生乙肝表面抗體的情況，還與受接種者的免疫狀態、性別、年齡、種族及營養狀況等許多因素有關。
1)嬰兒對疫苗產生抗體和保護效果的能力比成人強而迅速；
2)年青人比老年人的接種效果好；
3)女性同劑量、相同條件接種疫苗後，乙肝表面抗體轉陽率比男性要高；
4)有免疫缺陷的機體對乙肝疫苗的應答能力明顯降低。
經乙肝疫苗接種後，乙肝表面抗體滴度越高，則抗體持續存在的時間越長，保護能力也就相應較長。
