由於不少醫生和患兒家長在用藥治療上存在誤區，錯誤地使用抗生素等藥物，不但影響藥物療效，還可能引來不良後果。
誤區一： 濫用抗生素
用錯的抗生素還有：
四環素——8歲以下兒童禁用
該藥對治療感染性腹瀉具有一定療效。但因某些細菌對四環素類抗生素產生耐藥性較嚴重而療效有所降低。該藥對輪狀病毒引起的小兒腹瀉無效。另外，8歲以下小兒應用四環素及同類藥物如土黴素、多西環素等可致恆齒染色、牙釉質發育不良和骨生長抑制，長期使用還會損害肝臟。因此，8歲以下兒童禁用。
氟哌酸（諾氟沙星）--12歲以下小兒不宜選用
該藥對致病性和產毒性大腸桿菌、沙門菌屬等所致的胃腸炎、菌痢有良好療效，臨牀應用廣泛。但該藥沒有抗病毒作用，因此治療小兒秋季腹瀉無效。該類藥物（喹諾酮類）有可能影響軟骨發育，因此，12歲（也有學者認爲是18歲）以下小兒不宜選用。
誤區二： 濫用止瀉藥
有腹瀉就用止瀉藥，看起來是天經地義的事。許多家長一見孩子發生腹瀉，就馬上使用止瀉劑，這種做法是不科學的。因爲發病初期，腹瀉能將體內的致病菌和病毒以及它們所產生的毒素和進入胃腸道的有害物質排出體外，減少對人體的毒害作用。此時如果使用強效止瀉劑，無疑是閉門留寇。當然，如腹瀉頻繁，持續時間長且出現脫水症狀者，在糾正水電解質紊亂的前提下，可酌情使用止瀉劑。
易錯用的止瀉藥物有：
易蒙停（洛哌丁胺）——5歲以下兒童禁用
該藥爲一種極強的長效抗腹瀉藥物，適用於各種病因引起的急性腹瀉的治療。但其作用強烈，強度比嗎啡還大。能直接作用於腸壁，阻止乙酰膽鹼和前列腺素的釋放，從而抑制腸蠕動和收縮，使腸功能恢復正常，因此能迅速止瀉，並很快消除不適感。但用於低齡兒童易致藥物不良反應，如影響中樞神經系統等，加之曾有新生兒用藥致死的報道，故國內外均限制用於低齡兒，如我國易蒙停使用說明書中就規定5歲以下兒童禁用。
藥用炭--禁止長期用於治療3歲以下小兒腹瀉或腹脹
該藥用於脹氣及消化不良性腹瀉。能吸附導致腹瀉及腹部不適的多種有毒及無毒刺激物，減輕對腸壁的刺激，減少蠕動，從而起到止瀉作用。但由於該藥吸附作用強且無選擇性，對消化酶如胃蛋白酶、胰酶的生物活性均有影響，長期應用可影響腸道的營養吸收，因此禁止長期用於治療3歲以下小兒腹瀉或腹脹。
複方地芬諾酯（複方苯乙哌啶）——2歲以下嬰兒禁用
該藥也叫止瀉寧。該藥每片含鹽酸地芬諾2.5毫克、硫酸阿托品0.025毫克，其中地芬諾酯對腸道作用類似嗎啡，適用於急、慢性功能性腹瀉及慢性腸炎等，作用亦很強烈。由於國內外不斷有應用該藥致小兒中毒甚至致死的報道，且死亡病例集中於小於2歲的嬰幼兒，又因該藥小兒用藥劑量至今尚無統一標準，因此2歲以下嬰兒禁用，2歲以上小兒應慎重使用並要嚴格控制用藥劑量。
