自然療法是以人體健康爲核心，重點強調維持身體健康和預防疾病，和中醫有不少近似之處。而西醫是以疾病爲核心，重點放在當機體出現了疾病時，如何診斷和治療。因此兩種體系在學術思想和技術手段上迥然不同。自然療法主要包括以下內容：
營養療法
營養療法即讓患者按一定的食譜進食或補充某些營養素，從而使飲食成爲治療的手段。營養療法是自然療法的基礎，自然療法醫師在臨牀實踐中首先選用這一療法治療患者。越來越多的研究證明，粗製食品和補充營養素完全可以達到保健和治療疾病的目的。採用營養療法可以有效地治療痤瘡、關節炎、哮喘、動脈粥樣硬化、抑鬱症、2型糖尿病、溼疹、痛風、高血壓、經前期緊張綜合徵以及潰瘍性結腸炎等病症。
植物藥療法
植物藥療法是應用植物做爲藥物防病治病，也可以稱爲草藥療法。植物藥療法日趨受到人們的重視。現代自然療法醫師在使用植物藥治病時，不僅依據該植物在傳統醫學中的傳統藥性，而且還要掌握其現代藥理學作用及其作用機理，這樣使得該療法更加科學化、現代化。如今，許多自然療法醫師所使用的已不是未加工的植物原生藥材，而是使用從植物中提取出來的有效成分。
順勢療法
順勢療法是使用可以誘發健康人體產生某種疾病的藥物來治療該病。這一療法的基本原則是：大劑量的藥物可以誘發疾病，但該藥物在小劑量時，卻可治療該疾病。順勢療法所使用的藥物可以是植物藥、礦物藥和化學藥品。
鍼灸療法
鍼灸療法源於中醫。它通過針刺、灸、按摩、激光、電刺激等方式刺激機體的穴位，從而促進機體的“氣”在經絡中循環、流動。傳統的中醫鍼灸療法在診治疾病中尚須在陰陽五行、辨證論治等中醫理論指導下進行。
水療法
水療法應用熱水、冷水、蒸汽等各種形式的水來保健或防治疾病。具體方法有坐浴、灌洗、溫泉浴、旋流溫水浴、桑那浴、淋浴、溼布、敷泥、足浴、熱敷以及灌腸等。水療法自古以來就是世界上許多民族傳統醫學中的治療方法之一。
物理療法
物理療法就是應用物理的方法來治療疾病，包括超聲波療法、透熱法、保健體操、按摩、關節活動法等。水療法也屬物理療法範疇。
心理療法
對患者的心理諮詢和生活方式的調整是自然療法中必不可缺少的組成部分。自然療法醫師必須具備一定的心理學知識，在問診中能從患者語言、動作等表現中瞭解患者的心理狀態和其他方面的異常問題，然後採取諸如催眠、心理暗示、諮詢指導、家庭治療等手段，針對患者所存在的問題進行有的放矢的治療。
音樂療法
音樂療法歷史悠久，早在文藝復興時期古埃及就有了音樂療法的紀錄，在坐骨神經痛患者的患部上放置管樂器演奏，直接對患部進行音樂的“振動”，以緩解疼痛。我國的《黃帝內經》也有“五音療疾”的記載。現代醫學界利用音樂進行減低人的壓力和焦慮、增強免疫系統反應以及降低血壓與心跳速率的治療。日本在晚期醫療、外科、齒科臨牀上也使用共振音響裝置來緩解患者疼痛等。
芳香療法
芳香療法，就是利用芳香植物的純淨精油來輔助醫療工作的另類療法。人們從大自然中芳香植物的不同部位中提煉出具有不同氣味和顏色的精油，如桉樹葉精油、玫瑰花精油、佛手柑精油等。這些精油由一些很小的分子組成，具有易滲透、高流動性和高揮發性的特點，當滲透於人體肌膚或揮發入空氣中被人體所吸入時，就會對人的情緒和身體的其他主要功能產生作用，可以安撫神經和愉悅心境，能強化人的心理和生理機能。
其他療法
根據自然療法的指導原則，國內外被人們所運用的還有色彩療法、水果療法、森林療法、園藝療法、笑療法、象數療法、心理輔導學、同類療法、體雕學、大腸水療、斷食療法、環境毒物學、溫熱療法、功能醫學、微量元素醫學、西草藥學、生機飲食、東方食療學、長壽飲食、整脊療法、情緒疏導學、催眠學、身心靈透析學、能量與信息醫學、思維場療法、磁療學、養生氣功、運動醫學等。
