典型症狀爲下腹痛，痛經、性交不適和不孕
一、月經不調：常有月經過多、經期延長或經前點滴出血。
二、下腹痛和痛經：特點是繼發性和漸進性加重。即初潮後的最初幾年內無痛經，數年或10餘年後纔出現，並有逐步加劇現象。疼痛多位於下腹深部和腰骶部，以盆腔中部爲多，可牽涉到盆腔兩側及骨盆壁，可放射至陰道、會陰、肛門或大腿。常於月經開始出現，並持續至整個月經期。疼痛的程度與病竈大小不成正比。約20％－35％患者可無痛經。也有腹痛時間與月經不同步者，少數患者長期下腹痛，至經期疼痛更劇烈。
三、不孕：本病患者約40％不孕，主要由於盆腔粘連、輸卵管阻塞或蠕動減弱，影響受精卵的輸送，或併發未破裂卵泡黃素化綜合徵，或卵巢黃體功能不足，或自身免疫反應干擾受精與着牀等因素所致。
四、性交疼痛：異位內膜累及子宮直腸後陷凹和子宮骶骨韌帶時，常有深部性交疼痛，經前期尤甚。
五、其他：腸道病竈可致腹瀉或便祕，或有周期性排血；累及泌尿系統者可有經期尿頻尿急、排尿困難，或週期性血尿；遠道的異位內膜病竈還可致經期咯血、流鼻血等。除上述症狀外，卵巢子宮內膜異位囊腫破裂時，引起突發性劇烈下腹痛，伴噁心嘔吐和肛門墜脹，破裂時間多發生於經期前後或經期。
