相對而言，兒童肛瘻較少，但出生後3個月的嬰兒，以及未滿1週歲的幼兒，也常會出現肛門腫痛、化膿的情況。由於小兒肛瘻管道較爲短淺，排膿後症狀可很快減輕，並多數可自愈，部分患兒隨年齡增長而自愈，因此，一般主張不行手術治療。
對此，應對症處理，每日清潔肛門並坐浴，適當使用抗生素及外用藥膏，消炎消腫，控制和減少膿腫的發生，加速自愈。對反覆發作不能自愈的患兒，要擇期至能承受手術時，再進行手術治療，手術年齡以5～10歲爲宜，對於低齡幼兒患該病的原因，以及自愈的原因，尚不明瞭。
