肝性腦病的診斷是排他性診斷，有下列情況提示肝性腦病的可能。
1.有引起肝性腦病的基礎疾病如嚴重肝病和/或廣泛門體分流的病史如肝硬化、肝癌、門體靜脈分流術後等。
2.有上消化道出血、放腹水、大量利尿、高蛋白飲食、安眠藥、感染等誘發肝性腦病發生的因素。曾發生過肝性腦病對診斷有重要的幫助。
3.有神經精神症狀及體徵，如情緒、性格改變、意識錯亂及行爲失常、定向障礙、嗜睡和興奮交替，肌張力增高，撲翼樣震顫、踝陣攣及病理反射陽性等，嚴重者可爲昏睡、嚴重神志錯亂、甚至昏迷。
4.實驗室檢查：血氨升高，血漿氨基酸失衡，支鏈氨基酸減少，芳香氨基酸增高，二者比值≤1(正常>3)，肝功能檢測，常有慢性肝功能損害的表現。
5.腦電圖檢查：兩側前額及頂部出現對稱的特徵性θ波或極慢的δ波。
6.簡易智力測驗：智力測驗對亞臨牀型肝性腦病的診斷有重要的幫助。測驗內容包括書寫、構詞、畫圖、搭積木、用火柴搭五角星及數字連線等。但該方法受患者受教育程度及年齡影響，需予注意。
7.臨界閃爍頻率(Critical Flicker Frequency，CFF)的檢測：該方法原用於檢測警戒障礙的患者的臨界閃爍頻率可反映大腦神經傳導功能障礙。近來研究發現可敏感地診斷出輕度HE(包括輕微HE及HE的1期)，具有敏感、簡易、可靠的優點。由於CFF診斷MHE的檢測剛剛起步，其診斷價值仍需進一步臨牀運用才能作出客觀的評價。
鑑別診斷
在做出肝性腦病的診斷前須注意以下情況：
1.以精神症狀爲唯一突出表現的肝性腦病易被誤診爲精神病。同此，凡遇有嚴重肝臟疾病或有門體分流病史的患者出現神經、精神異常，應警惕肝性腦病的可能。
2.肝性昏迷應與可引起神經功能紊亂的其他代謝性腦病如酮症酸中毒、低血糖、尿毒症等所致的腦病、急性腦血管病、腦部感染和鎮靜劑過量相鑑別。進一步追問病史，血糖、血氨、腎功能、腦電圖等的檢查有助於診斷與鑑別診斷。頭顱CT、核磁及腰穿對中樞神經系統的疾病如腦出血、腫瘤、腦炎等的鑑別有重要的意義。
