(1) 外用藥膏:元素疣、維A酸乳膏、肽丁胺軟膏等含有激素類成分，長久使用對人體危害相當大。建議不用，或者少用。
(2) 口服藥:由於從口服到內臟吸收到達皮膚,藥力損耗大,不是直接殺滅病毒,所以效果並不理想,並且要長期連續服用幾十天,一般人很難堅持。
(3) 採用激光剷除的方法:由於扁平疣病毒是在表皮下面,激光只能剷除表面扁平疣顆粒,而皮下病毒沒有剷除,所以不可能起到根本的治療作用,往往過了幾個月扁平疣還會重新發出來.
(4)注射激素轉移因子:西醫治療扁平疣主要注射轉移因子等激素來提高人體免役功能.由於這一種間接性治療不是直接能殺滅扁平疣病毒,所以治癒率也很低,特別是對一些年齡偏高的人.
