鼻咽癌的發病因素是多方面的。多年來臨牀觀察及實驗研究表明，以下因素與鼻咽癌的發生有密切關係。
遺傳因素
(1)家族聚集現象：許多鼻咽癌患者有家族患癌病史。鼻咽癌具有垂直和水平的家族發生傾向。
(2)種族易感性：鼻咽癌主要見於黃種人，少見於白種人;發病率高的民族，移居他處(或僑居國外)，其後裔仍有較高的發病率。
(3)地域集中性：鼻咽癌主要發生於我國南方五省，即廣東、廣西、湖南、福建和江西，佔當地頭頸部惡性腫瘤的首位。東南亞國家也是高發區。
(4)易感基因：近年來，分子遺傳學研究發現，鼻咽癌腫瘤細胞發生染色體變化的主要是1、3、11、12和17號染色體，在鼻咽癌腫瘤細胞中發現多染色體雜合性缺失區(1p、9p、9q、11q、13q、14q和16q)可能提示鼻咽癌發生發展過程中存在多個腫瘤抑癌基因的變異。
病毒感染
1964年Epstein和Barr首次從非洲兒童淋巴瘤(Burkitt淋巴瘤)的活檢組織中建立了一株可以傳代的淋巴母細胞株。電鏡下可見皰疹型病毒顆粒。由於它具有與皰疹病毒家族其他成員不同的特性，故命名爲Epstein-Barr病毒，即EB病毒。
從鼻咽癌組織中可分離出帶病毒的類淋巴母細胞株，少數在電鏡下可見病毒顆粒。免疫學和生物化學研究證實EB病毒與鼻咽癌關係密切。EB病毒抗體滴度的動態變化和監測，可以作爲臨牀診斷、估計預後和隨訪監控的指標。
除EB病毒外，其他病毒如冠狀病毒等，也被認爲參與了鼻咽癌的發生發展過程。
環境因素
有報告顯示移居國外的中國人，其鼻咽癌死亡率隨遺傳代數逐漸下降。反之，生於東南亞的白種人，其患鼻咽癌的危險性卻有所提高。提示環境因素可能在鼻咽癌的發病過程中起重要作用。
流行病學調查發現，廣東省鼻咽癌高發區內的嬰兒，在斷奶後首先接觸的食物中便有鹹魚。另外，魚乾、廣東臘味也與鼻咽癌發病率有關。這些食品在醃製過程中均有亞硝胺前體物亞硝酸鹽。人的胃液pH值在1~3時，亞硝酸或硝酸鹽(需經細胞還原成亞硝酸鹽)可與細胞中的仲胺合成亞硝胺類化合物。這些物質有較強的致癌作用。
某些微量元素，如鎳等在環境中含量超標，也有可能誘發鼻咽癌。
