一、環境因素
1.感染。孕婦如在懷孕的前三個月患有病毒感染或細菌感染，最常見的是感冒，尤其是風疹病毒，其次是柯薩奇病毒。
2.其它。如羊膜的病變，胎兒周圍局部機械壓迫，妊娠早期先兆流產，母親在妊娠期使用某些藥物，患慢性疾病、缺氧、母體營養不良或維生素缺乏、糖尿病、苯酮尿、高血鈣，放射線和細胞毒性藥物在妊娠早期的應用，母親年齡過大，流產保胎和多胎等因素均有生出患有先天性心臟病的嬰兒的可能。
二、遺傳因素
先天性心臟病具有一定程度的家族發病趨勢，即同一家族中可能會有多人患有先天性心臟病。
三、其它因素
有些先天性心臟病的發病率在高原地區較高，如動脈導管未閉。有些先天性心臟病有顯著的男女性別間發病差異，說明出生地海拔高度和性別也與本病的發生有關。
在先天性心臟病患者中，能查到病因的是極少數，但加強對孕婦的保健，特別是在妊娠早期積極預防風疹、流感等風疹病毒性疾病和避免與發病有關的一切因素，對預防先天性心臟病具有積極意義。
預防
分爲三級預防：
一級防治： 加強孕期保健，遠離高危因素
一級防治是對先心病致病危險因素進行調查，發現那些可能導致先心病的病因和危險因素，最終減少或消除這些先心病患病危險因素，從而減少先心病的發生率。
二級防治： 開展高危孕婦胎兒超聲心動檢查
二級防治是通過孕期篩查，發現那些已患先心病的胎兒，對那些複雜的、難治的和遠期效果差的先心病患兒進行早期干預，一定程度上減少先心病的發生率。
在先心病二級防治中，高危孕婦胎兒超聲心動圖檢查是重點。研究發現，對高危孕婦篩查胎兒心臟結構和發育情況，約67%的先心病可經超聲四腔心切面篩查出來。
發現異常者，定期監測胎兒心臟功能，待分娩後轉診至小兒心臟專科進行手術治療。
對於查出的嚴重、無法徹底矯治的先心病患病胎兒，應給予必要的優生學指導，及時終止妊娠，這將極大的減少出生嬰兒中先心病的疾病負擔，減少家庭、社會精神、經濟壓力，對於優生優育、提高出生人口素質、降低新生兒死亡率、緩解醫療資源供需不平衡矛盾等方面均具有重要意義。
三級防治：早診斷、早治療，減少先心病危害
三級防治則是通過各種手段，對已患先心病的孩子進行早診斷、早治療，減少先心病的危害，提高先心病患兒治療效果，使孩子能早日順利恢復健康、迴歸社會。
