蘑菇身上的不同部位，營養含量也不同。對香菇等硬柄的菌類來說，菌蓋比菌柄營養豐富，最適於食用的是新鮮的較幼嫩的蘑菇子實體。
菌蓋營養含量最高，而且比較嫩滑，口感好，而到末端的時候營養成分逐步減少，另外，根部也比較難烹製，所以一般把根最末端的部分剪下去，這是最理想的吃法。
在清洗時，由於蘑菇表面有黏液，泥沙粘在上面，不易洗淨。可在水裏先放點食鹽攪拌使其溶解，然後將蘑菇放在水裏泡一會兒再洗，或者放在淘米水中洗，這樣泥沙就很容易洗掉；另外，洗蘑菇之前一定要把菌柄底部帶着較多沙土的硬蒂去掉，因爲這個部位用鹽水泡過也不易洗淨。
需要注意的是，蘑菇就像海綿，可以吸水。因此不要長時間浸泡。在泡幹菇的時候，可不停晃動水，能讓它發得更快。
