手術是目前治療肛瘻的唯一手段，手術的成敗直接關係到肛瘻的預後。手術不理想則易使疾病復發，創口久不癒合。
1.保護好肛門括約肌功能 在高位肛瘻的治療中，內口位置高，在肛管直腸環上方，管道穿過括約肌深層和肛管直腸環，直接切開瘻管易損傷肛門括約肌功能，使肛門失禁。所以對高位肛瘻的病人應採取掛線療法使肛管直腸環慢性切開，起到保護肛門括約肌功能的作用。
2.確定內口 找準內口，並處理好內口是徹底治癒肛瘻的重要條件。內口沒找準，處理不妥善，容易引起肛瘻復發。
3.創口的護理 現在本人對肛瘻手術有條件的都採取一期縫合，除了肛瘻的感染期，腐敗組織很難清除乾淨外。術後創口應嚴格按照外科護理常規每天換藥，7-9天拆線;否則創口感染、延期癒合。
4.高位肛瘻掛線術後的緊線問題 緊線應根據創面的生長情況和橡皮筋的鬆緊度而定。第一次緊線大約在術後一週以後，每週緊一次，大約緊2-4次就可使皮筋脫落。瘻管深、掛線組織多，皮筋鬆弛較慢，創口生長緩慢，則要相對延遲緊線時間，緊線次數也增加;掛線組織少，創口生長快，皮筋易鬆弛，則術後一週就可緊線，一般緊個二次就會脫線。緊線過勤過早，而創口的生長緩慢，則易引起肛管缺損、粘液遺漏的後遺證。
5.必須徹底清除管壁組織及壞死組織，包括所有的支管。這樣一期縫合的創口感染率大大降低，減少復發。
