傳染源：人是本病的傳染源，患者、隱性感染者和無症狀帶毒者爲該病流行的主要傳染源。流行期間，患者是主要傳染源。在急性期，病人糞便排毒3—5周，咽部排毒1—2周。健康帶毒者和輕型散發病例是流行間歇和流行期的主要傳染源。
傳播途徑：手足口病傳播途徑多，主要通過密切接觸病人的糞便、皰疹液和呼吸道分泌物(如打噴嚏噴的飛沫等)及被污染的手、毛巾、手絹、牙杯、玩具、餐具、奶瓶、牀上用品等而感染。接觸被病毒污染的水源，也可經口感染，並常造成流行。如吃了帶有病毒之蒼蠅叮爬過的食物。門診交叉感染和口腔器械消毒不嚴也可造成傳播。另外，成人也可以是病毒的傳播者。與患者同一室最易感染。
易感人羣：易感人羣人對CoxAl6及EV71型腸道病毒普遍易感，受感後可獲得免疫力，手足口病的患者主要爲學齡前兒童，尤以≤3歲年齡組發病率最高，4歲以內佔發病數85%—95%。
流行方式本病常呈暴發流行後散在發生，該病流行期間，幼兒園和託兒所易發生集體感染。家庭也有此類發病集聚現象。醫院門診的交叉感染和口腔器械消毒不嚴格，也可造成傳播。此病傳染性強，傳播途徑複雜，流行強度大，傳播快，在短時間內即可造成大流行。
