脣裂主要是由遺傳和環境因素作用導致的，下面詳細介紹下脣裂的主要發病原因。
1.遺傳因素 脣裂的患者可發現在其直糸親屬或旁糸親屬中也有類似的畸形發生，因而認爲脣裂畸形與遺傳有一定的關糸。流行病學調查表明：在直糸親屬中有脣裂畸形者，其後代的脣裂發生率比親屬中無辰裂畸形者要高。遺傳學研究還認爲脣裂屬於多基因遺傳性疾病。
2.環境因素 主要指胚胎生長髮育的環境而言，母體的整個生理狀態即構成了胚胎髮育的環境條件。因此，在妊娠前三個月內，當母體的生理狀態受到侵襲或干擾時，就可能影響胚胎頜面部的生長髮育。
（1）營養缺乏 在實驗動物研究中發現小鼠缺乏維生素A、B2及葉酸等食物成分時，可以產生脣裂等畸形，而人類是否也會因缺乏此類物質而導致先天性畸形的發生還不十分明確。所以在妊娠早期的營養缺乏可能是發病誘因之一。
（2）感染和損傷 母體在妊娠初期如遭受某種損傷，特別是能夠引起子宮及其鄰近部位的損傷，如不正當的不全人工流產或不科學的藥物墜胎等，都能影響胚胎的發育而招致畸形。母體罹患病毒感染性疾病如風疹等，也能影響胚胎的發育而成爲脣裂發生的可能誘因。
（3）內分泌的影響 妊娠早期的婦女因患病使用激素治療後出生的嬰兒即有某種先天畸形的發生。此外，在脣裂患兒家族史的調查中，也發現有的母親在懷孕早期曾有過各種明顯的精神創傷因素，推論可能由此而出現應激反應，導致體內腎上腺皮質激素分泌增加，而誘發先天性畸形。
（4）藥物因素 多數藥物進入母體後都能通過胎盤進入胚胎。有些藥物可能影響胚胎的發育而造成畸形，目前已知的抗腫瘤藥物（如環磷酰胺、氨甲喋呤等）、搞驚厥藥物（苯妥英鈉）、搞組織胺藥物及治療妊娠性嘔吐的敏克靜和某些安眠藥物（如沙立度胺）均可導致胎兒畸形。
（5）物理損傷 如在胎兒發育時期，孕婦頻繁接觸放射線或微波等均可能影響胎兒的生長髮育而成爲脣 裂發生的可能誘因。
（6）菸酒因素 妊娠早期大量吸菸及酗酒，其子女脣裂的發生率比無煙酒嗜好的婦女要高，因而也是導致胎兒發生脣裂的可能因素之一。
