骨質疏鬆患者因骨的鈣質流失及骨微結構改變，骨的強度降低易發生骨折，相關研究表明口服異黃酮可降低骨質疏鬆患者的骨折發生率。
對於異黃酮是否具有骨質保護作用，各國學者進行了大量的臨牀觀察。部分學者發現，異黃酮能對抗絕經後骨質丟失，提高骨密度。一些研究顯示，亞洲的絕經後婦女食用異黃酮越多，其股骨和椎體的骨密度就越高。美國一項在日裔婦女的觀測也發現了相同的結果。此外異黃酮可以促進骨骼胰島素樣生長因子生成，導致骨外積性生長和骨面積增加，可能導致短期試驗中只能觀測到骨礦含量增加。
二、異黃酮可抑制破骨細胞分化減少骨質丟失
骨重建與成骨細胞和破骨細胞的作用有關。在絕經後骨質疏鬆中，雌激素缺乏導致破骨細胞活性大於成骨細胞，因此增加骨吸收，導致骨礦、骨膠原和蛋白從骨組織中丟失，使骨的多孔性程度加大，更易發生骨折。異黃酮對破骨細胞和成骨細胞並非僅僅是單一性的作用，它還通過細胞因子來協調破骨細胞和成骨細胞間的交叉作用。異黃酮對減少骨吸收及促進骨形成的作用是多方面的，但目前異黃酮對成骨細胞和破骨細胞以及細胞因子的共同調節作用的研究還有待進一步深入。
