新生兒得到腸病毒的感染可能臨牀上無症狀，呈現良性的病程，但也可能造成嚴重致命的疾病。經由病史的詢問，顯示約有59-68%的母親在剛好要生產時有一些輕微病毒感染的症狀，如發燒、呼吸道或腸胃道的症狀。新生兒可能在出生的第一天就出現症狀，臨牀徵候與一般幼童不同，通常是非專一性的症狀，包括髮燒或體溫過低、倦怠、厭食、躁動不安、黃疸、嘔吐、腹脹、腹瀉等。這時最好立即就醫，因爲這樣臨牀的表現可能是任何一種感染病原所導致的，甚至是其它非感染的原因都有可能，所以一定要請兒科醫師診治。
新生兒得到腸病毒的感染，一般來說，是不會像幼兒得到腸病毒一樣，出現咽峽炎或手足口症的症狀。至於，呼吸道的症狀則包括呼吸加速、流鼻涕、咳嗽、胸部凹陷甚至呼吸中止。若有皮疹的出現則較符合病毒感染的診斷。
