衣原體感染能夠引起許多疾患。其中對泌尿系統的感染常被稱爲非淋菌性尿道炎(nongonococcal urethritis，NGU。在非淋的病原體檢測中，沙眼衣原體的發現率佔到了40%-60%。
女性感染衣原體不限於尿道，可累及整個泌尿生殖器官，此類感染常因缺乏自覺症狀或症狀輕微而忽視了治療，造成傳染源而擴散，形成危害。
女性衣原體感染比男性感染引起的症侯要多，其主要感染部位爲宮頸，由此垂直感染給新生兒，以至發生PID等，其後遺症多導致不孕症。
無症狀感染(缺乏症狀反應)：由於本病缺乏自覺症狀，則局部病象便成爲診斷的一個重要指標，表現爲陰道有膿樣分泌物，亦可爲粘液或漿液性。分泌物量較多(爲中等量)，稍有臭味。陰道粘膜爲正常顏色，但常伴有宮頸糜爛。
衣原體性宮頸炎：當伴發宮頸炎時、宮頸發紅，有漿液或膿性分泌物增加、陰道內糜爛擴大，易於出血等症狀。鏡檢下陰道分泌物的所謂“陰道清潔度”多爲III度以上。沙眼衣原體主要侵犯宮頸的柱狀上皮細胞，而磷狀上皮細胞常不被侵犯，故陰道，宮頸局部沒有改變。
宮頸炎的主要症狀是白帶增多，不時出血及小腹部疼痛等一般症狀，無特異性表現，多因其性伴患有尿道炎而來院就診。
衣原體性輸卵管炎，本症多由宮頸炎併發引起。用腹腔鏡直接從輸卵管抽吸物標本中，約30%以上檢測出衣原體，病情經過多數較輕、下腹部可有輕微疼痛，一般體溫不高，但血沉稍快。由於這種非典型經過，使病人拖延就醫，往往引起子宮附件損害，形成輸卵管炎的後遺症，其最主要表現是輸卵管性不孕症。
盆腔炎(PID)：PID不是固定疾患的用語，凡在盆腔內感染症，如宮內感染，輸卵管炎等附件炎症波及盆腔腹膜特定的部位感染均可稱之爲PID，由CT引起的PID主要是由宮頸炎上行感染所致。其主要表現是急腹症型。
部分患者可導致宮外孕、流產、不孕、死胎及新生兒死亡。有些病人除不孕外，可無任何症狀。也可通過產道傳染，引起嬰兒眼結膜炎、鼻炎、中耳炎、肺炎及陰道炎等。
