一、環境因素
1.感染。孕婦如在懷孕的前三個月患有病毒感染或細菌感染，最常見的是感冒，尤其是風疹病毒，其次是柯薩奇病毒。
2.其它。如羊膜的病變，胎兒周圍局部機械壓迫，妊娠早期先兆流產，母親在妊娠期使用某些藥物，患慢性疾病、缺氧、母體營養不良或維生素缺乏、糖尿病、苯酮尿、高血鈣，放射線和細胞毒性藥物在妊娠早期的應用，母親年齡過大，流產保胎和多胎等因素均有生出患有先天性心臟病的嬰兒的可能。
二、遺傳因素
先天性心臟病具有一定程度的家族發病趨勢，即同一家族中可能會有多人患有先天性心臟病。
三、其它因素
有些先天性心臟病的發病率在高原地區較高，如動脈導管未閉。有些先天性心臟病有顯著的男女性別間發病差異，說明出生地海拔高度和性別也與本病的發生有關。
在先天性心臟病患者中，能查到病因的是極少數，但加強對孕婦的保健，特別是在妊娠早期積極預防風疹、流感等風疹病毒性疾病和避免與發病有關的一切因素，對預防先天性心臟病具有積極意義。
