須與結核性潰瘍、梅毒潰瘍、軟下疳和上皮癌等潰瘍相鑑別。其中潰瘍性結腸炎和肉芽腫性結腸炎併發之肛裂極易鑑別。
1、肛門皮膚擦傷 肛裂早期需與肛門皮膚擦傷相鑑別。
2、腸道炎性疾病 某些腸道炎性疾病可伴有肛門周圍的潰瘍，診斷時應注意鑑別。
①肛管結核潰瘍；②克羅恩病肛管潰瘍；③梅毒潰瘍；④潰瘍性結腸炎併發的肛裂。
